จากการศึกษาข้อมูลทางด้านพันธุศาสตร์ของกลุ่มชาติพันธุ์ในประเทศไทย พบว่าปัจจัยสำคัญที่ส่งผลต่อความผันแปรของโครงสร้างพันธุกรรมภายในประชากรของกลุ่มชาวเขา ได้แก่ การอาศัยแยกโดดเดี่ยวออกจากประชากรอื่นๆ และวัฒนธรรมภายหลังการแต่งงาน โดยในประชากรกะเหรี่ยงสะกอ จัดในอยู่ในกลุ่มตระกูลภาษาไซโนธิเบตันนั้นสันนิษฐานว่าเป็นกลุ่มที่สืบเชื้อสายมาจากกลุ่มเกษตรกรรมยุคหินใหม่ ที่มีต้นกำเนิดในบริเวณตะวันตกเฉียงเหนือหรือตอนเหนือของจีนเมื่อประมาณ 6-7 พันปีที่แล้ว โดยพบการมีแฮโปลกรุ๊ป O-M122* ร่วมกันในกลุ่มผู้ใช้ภาษาไซโนธิเบตัน ปัจจุบันพบว่ากะเหรี่ยงสะกอในประเทศไทยบางส่วนได้มีการผสมข้ามกลุ่มกับประชากรอื่นๆ ต่างชาติพันธุ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกลุ่มผู้ใช้ภาษาออสโตรเอเชียติก เช่น ชาวมอญ เป็นต้น อ้างอิงจากการมีแฮโปลกรุ๊ป M21a, M*และ M91a ร่วมกันระหว่างสองกลุ่มภาษา ในขณะที่ชาวสะกอบางกลุ่มแสดงค่าความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในกลุ่มประชากรอยู่ในระดับต่ำมาก และยังมีพันธุกรรมที่แตกต่างไปจากกลุ่มกะเหรี่ยงอื่นๆ และต่างไปจากกลุ่มประชากรภาษาอื่นๆ ในประเทศไทย อันเนื่องมากจากการมีประชากรขนาดเล็ก (ต่ำกว่า 20 ครอบครัว) และแยกอาศัยอยู่ในพื้นที่ห่างไกลเป็นเวลานาน (Kutanan et al., 2018; 2019; 2020) ด้วยปัจจัยที่ส่งผลต่อโครงสร้างพันธุกรรมของชาวกะเหรี่ยงเหล่านี้ ก่อให้เกิดความแตกต่างทางพันธุกรรมทั้งระหว่างประชากรภายในกลุ่มตระกูลภาษาเดียวกัน (heterogeneity)  และระหว่างประชากรต่างกลุ่มภาษาที่อาศัยอยู่ในประเทศไทยนั่นเอง นอกจากนี้ผลการศึกษายังพบเชื้อสายเอเชียตะวันออกเฉียงเหนือทางฝ่ายมารดาหรือดีเอ็นเอไมโทคอนเดรีย เป็นสิ่งยืนยันการผสมผสานทางพันธุกรรมระหว่างกลุ่มเอเชียตะวันออกเฉียงเหนือซึ่งคาดว่าเป็นบรรพบุรุษเริ่มแรกของชาวกะเหรี่ยง และกลุ่มเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ซึ่งคาดว่าเป็นกลุ่มที่ผสมเข้ามาในภายหลังหลังการอพยพลงมาทางตอนใต้ของกลุ่มกะเหรี่ยง โดยแต่งงานกับประชากรดั้งเดิมในพื้นที่ตามเส้นทางการอพยพลงมายังเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ การมีวัฒนธรรมฝ่ายชายย้ายเข้าบ้านฝ่ายหญิงผ่านหลังการแต่งงาน ทำให้สงวนพันธุกรรมเชื้อสายมารดาดั้งเดิมไว้ภายในประชากร และรับเอาพันธุกรรมทางเชื้อสายบิดาของประชากรอืนเข้ามาเพิ่ม ซึ่งสอดคล้องกับข้อสันนิษฐานถิ่นกำเนิดของชาติพันธุ์กะเหรี่ยงในประเทศจีน (Kutanan et al., 2018; 2020)