แม้ว่าการจัดกลุ่มทางภาษาศาสตร์ได้ระบุว่าภาษาของชาวญัฮกุรอยู่ในสาขาเดียวกันกับภาษาของชาวมอญ คือ สาขาย่อยมอญแต่หลักฐานทางพันธุกรรมที่มีการศึกษาผ่านมานั้น ได้ระบุว่าประชากรสองกลุ่มนี้มีลักษณะทางพันธุกรรมที่แตกต่างกัน โดยการศึกษาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิดไมโครแซเทลไลท์บนออโทโซมได้ระบุโครงสร้างทางพันธุกรรมของชาวญัฮกุรที่แตกต่างจากชาวมอญ บ่งบอกถึงการมีบรรพบุรุษที่ต่างกัน ซึ่งอาจเกิดจากการแยกตัวไปตั้งถิ่นฐานในบริเวณภูเขาที่ห่างไกล (isolation) จนทำให้ไม่มีการปฏิสัมพันธ์กับกลุ่มชาติพันธุ์อื่น (Srithawong et al., 2020) นอกจากนี้ การวิเคราะห์ข้อมูลดีเอ็นเอไมโทคอนเดรียระบุว่าชาวญัฮกุรมีความถี่ของแฮโปลกรุ๊ปที่เฉพาะ ได้แก่ F1a1a และ R9b2 จึงส่งผลให้มีลักษณะทางพันธุกรรมที่แตกต่างจากประชากรอื่น (Kutanan et al., 2017) เช่นเดียวกันกับการวิเคราะห์ข้อมูลเชื้อสายทางพันธุกรรมทั้งฝ่ายพ่อและฝ่ายแม่ที่ไม่พบการแบ่งปันแฮโปลไทป์ระหว่างประชากรญัฮกุรและมอญในประเทศไทย แต่พบการแบ่งข้อมูลทางพันธุกรรมของญัฮกุรกับประชากรเขมร ที่อาจจะเกิดการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างกันเมื่อไม่นานมานี้ (Kutanan et al., 2019) สอดคล้องกับการวิเคราะห์เครื่องหมายดีเอ็นเอบนไมโทคอนเดรียบริเวณ HVR1พบการแบ่งปันข้อมูลทางพันธุกรรมของชาวญัฮกุรกับชาวไทยอีสานจากจังหวัดนครราชสีมาและจังหวัดอุบลราชธานี ซึ่งอาจเกิดจากการไหลของยีน (gene flow) ของประชากรที่อาศัยอยู่ในบริเวณเดียวกัน หรืออาจเกิดจากการได้รับข้อมูลทางพันธุกรรมบางส่วนจากประชากรที่พูดภาษาออสโตรเอเชียติกกลุ่มอื่น ที่มีบรรพบุรุษร่วมกันกับญัฮกุร เช่น กูย หรือ บรู (Kutanan et al., 2014)